W latach 1324-1513, w miejscu gdzie współcześnie znajduje się kościół, funkcjonował murowany zamek należący do możnego rodu dziedziców Świdwa – Szamotulskich, dlatego miejsce to nosi nazwę etnograficzną: Świdlin. W latach 1514-1674 dziedzicami tego zamku i włości byli: Górkowie, Rokossowscy, Kostkowie i Łąccy (Kronika parafialna). To właśnie Jan Korzbok Łącki sprowadził do Szamotuł zakonników, prawdopodobnie w 1675 r. ,,darując im pewną sumę na budowę oraz zamek dawny w ciągu czasu częściowo zrujnowany z przylegającą ziemią na klasztor, ogród wygodny, dostatni” (Kronika reformatów szamotulskich).
Kościół został przebudowany z dawnego zamku Świdwów, natomiast konwent szamotulski pw. Świętego Krzyża został erygowany (założony) w 1676 przez Jana Korzbok Łąckiego, starostę nakielskiego, potem kasztelana kaliskiego. (Kronika reformatów szamotulskich). W 1682 r. poświęcono klasztor i kościół, w którym chowano okoliczną szlachtę (Chlebowski B., Walewski W., 1890). Konsekracja kościoła odbyła się dnia 26 kwietnia 1699 r. a dokonał jej ks. Hieronim Wierzbowski, biskup fesseński, sufragan poznański, natomiast ks. prof. Józef Nowacki, wskazuję datę konsekracji na rok 1682 r. (Nowacki J., 1964).
W 1839 r., wprowadzone ustawy kasacyjne zaborców zlikwidowały zakony, wówczas zabudowania klasztorne w Szamotułach przeznaczono na szkołę miejską, później na cele wojskowe, natomiast kościół służył do celów pomocniczych kościoła parafialnego pokolegiackiego w Szamotułach (Kronika parafialna). W czasie pierwszej wojny światowej odprawiano w nim nabożeństwa dla wojska, a w okresie międzywojennym dla młodzieży.
W latach: 1939-45 Niemcy zabudowania poklasztorne wykorzystywali na magazyny wojskowe, natomiast po wojnie przeznaczono je na mieszkania.
Kościół był nieczynny aż do 1962 r., dopiero w 1963 r. uruchomiony jako kościół szkolny dla młodzieży. Kuria Arcybiskupia powołała ks. Franciszka Nowackiego, w dniu 1 sierpnia 1963 r., na wikariat w Szamotułach z obowiązkiem rezydencji przy kościele filialnym Świętego Krzyża. Arcybiskup Antoni Baraniak ustanowił go w dniu 1 września 1963 r. rektorem kościoła Świętego Krzyża w Szamotułach i polecił mu zorganizować tam parafię (Banaszak M., 1980), którą utworzono w 1972 r.
W 2020 r. po 181 latach nieobecności do Szamotuł powrócili franciszkanie. Uroczyste wprowadzenie Braci Mniejszych do Parafii pw. Świętego Krzyża miało miejsce podczas Mszy Świętej pod przewodnictwem JE Ks. Bpa Damiana Bryla, w obecności Ministra Prowincjalnego Prowincji Św. Franciszka z Asyżu Zakonu Braci Mniejszych – Franciszkanów w Polsce o. Bernarda Jarosława Marciniaka, 1 sierpnia 2020 r. o godz. 18:30. Proboszczem został mianowany o. Eryk Robert Katulski, a wikariuszem parafialnym o. Iwo Mateusz Hoeft. Wspólnotę zakonną współtworzą i w parafii posługują również o. Tyberiusz Wiesław Nitkiewicz i o. Ksawery Przemysław Bolek.
Tekst:http://parafiaswkrzyz.
SPOTKANIE Z HISTORIĄ 09.10.2021
8. edycja Spaceru z Historią. Organizatorzy spotkania Agnieszka Krygier-Łączkowska i Łukasz Bernady, ponownie zaprosili mieszkańców do kościoła św. Krzyża, klasztoru oo. reformatorów oraz krypy.
O pracach remontowych i planach na przyszłość mówi o. Tyberiusz Wiesław Nitkiewicz.