Na stacji w Szamotułach nastąpiła tymczasowa zmiana w organizacji ruchu. Peron nr 1 został wyłączony z użytku, a pasażerowie korzystają wyłącznie ze zmodernizowanego, dwukrawędziowego peronu nr 2.
Aktualnie na stacji trwa modernizacja przydworcowego peronu nr 1 oraz budowa nowego przejścia podziemnego. Docelowo, przejście podziemne zostanie wyposażone w windy, które będą obsługiwać perony i plac przydworcowy.
Na peron nr 2 pasażerowie dochodzą z budynku dworca przez tymczasowe dojście w poziomie torów. Jest one dostosowane do potrzeb osób o ograniczonej możliwości poruszania się.
Zmodernizowany peron nr 2 jest oświetlony, znajdują się na nim nowe ławki, a całość pokrywa długa wiata, chroniąca przed opadami. Na peronie znajdują się także gabloty informacyjne, w których znajduje się aktualny rozkład jazdy. W trosce o bezpieczeństwo podróżnych nawierzchnia peronu jest antypoślizgowa.